前臺南市長張燦鍙於2001年三度拜會證嚴上人，力邀慈濟在臺南安平設校，雙方簽訂合約後，臺南慈濟中小學於2007年招生，至今教學成果受到肯定。依照合約，臺南慈中從國小部到高中部，至少都要提供百分之六的名額給弱勢學生，並依照公立學校收費（臺南慈中提供弱勢學生學雜費、課補費、制服費等相關費用全免），校方雖然每年都有龐大的資金缺額，但從未減少對學生的照顧與關懷。
三度拜會 學校終動土
受到當時臺南市長張燦鍙的力邀，臺南慈濟中小學終於在2005年動土，已經卸任市長的張燦鍙，還特地前來參加典禮。前臺南市長張燦鍙說：「慈濟在這方面、各方面都很精進，我可以保證百分之九十九的市民都很歡迎。」前臺南市教育局長鄭新輝說：「我以局長的立場角色，很希望引進慈濟的精神。」
臺南市長賴清德說：「當時安平人口增加，但國小就只有安平國小，校舍擁擠到要上二部制， 當時的市長張燦鍙又苦於市政困難，只能特別去拜託慈濟來設校；為了要邀請慈濟來設校，臺南市議會甚至通過自治條例，保證跟慈濟的合作跟承諾不會有任何改變。」
當時的市長三度力邀，最後學校於2007年招生，所定的契約是依照「臺南市獎勵私人興學自治條例」，內容對班級人數跟公費名額都有詳細約束。臺南市教育局副局長黃緒信說：「現在臺南市市立學校的班級人數是四十九人，（與臺南慈中的契約）這次也改為比照公立學校，國小二十九人國中三十人，所以事實上來講是嚴格的限制。」
契約裡載明，學校每班人數不得超過同型學校的標準，以及要有百分之六的弱勢生，並依公立學校標準收費，市府則是負擔學校的土地租金，每年七百五十多萬元。實際上，臺南慈中提供弱勢學生學費、雜費、服裝用品費、午晚餐費、課業輔導費（含寒暑假）、教科書費、校外教學費、晚自習費、畢業紀念冊費全免。
臺南市長賴清德說：「慈濟為了來臺南設校，（一年）總共要多支出一億多元，在這種狀況之下，臺南市政府遵守過去張燦鍙市長跟慈濟簽訂的合約，我想算合理。」
現任臺南慈中校長曾耀松說：「103年學年度在校學生，弱勢學生的比例，國小是6%，國中是高達9%，高中是6%，所以我們是完全有履行這個合約的規定。」
弱勢生比例，高居全臺私校之冠。臺南慈中校長曾耀松說：「我們的生師比是14比1，公立是16比1到18比1，每班人數不得高於公立，對公立來講經費由政府全部補助，班級人數降低，目前每年自籌八千五百萬左右才能滿足學校需求 。」
雖然每年校方有龐大的資金缺額，但臺南慈中辦學不減分，國中部跟高中部的成績卓越，也獲得臺南地區家長們的信賴。
招收弱勢生 良善學風促和諧
除此之外，慈中學生每年都還會主動走出校園做社區服務，除了淨灘、回收站做環保，還會關懷當地居民，良善的學風，也促進社區和諧。
四十四位臺南慈中小學部學生到護理之家做關懷，逗得現場阿公阿嬤笑開懷；還有高中部學生到教養院和院生玩成一片，在互動中也替自己上了一堂生命教育課程。臺南慈濟高中學生鄭莞柔說：「他們（院生）就很容易知足，為什麼我們不能跟他們一樣。」
打破傳統都在教室上課，慈中學生上課方式常走出校園，就是要讓他們從做中學。臺南慈中學生雷博丞說：「地球生病了，我們都沒有做什麼，我希望我可以繼續一直做環保，能夠幫助地球好起來。」
不管是從環保回收，或是孩子們主動犧牲假日到海灘上帶頭淨灘收垃圾，臺南慈濟中學培養的都是孩子服務精神。
當地住戶簡先生說：「他們會來打掃打掃，也會來探訪探訪，我覺得不錯。」住戶史小姐說：「我覺得這邊有人文氣息很好。」當地住戶丁小姐說：「學生的活動都很正向。」當地住戶陳先生說：「感覺他們都很有教養。」
慈濟辦學堅守照顧弱勢民眾，臺南慈中招收了百分之七的弱勢生，是全臺私校之冠，同時教學方式也從跳脫傳統，多鼓勵慈中學生身體力行走入社區，良善的學風，也促進社區更和諧。
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（文：李佳欣、王昭中、陳怡臻、陳立偉 臺南報導）